月底淘汰进行到最后的时候，朱由桦亲自坐镇考核，不少新兵因为成绩不合格被清退出战兵序列，或转入辅兵，或开革出营，容不得一丝徇私枉法，这支新军可是未来的保命符，命根子。

全军分为什、旗、局、营、镇、军（注：营为现阶段设置的基本作战单位。镇是中央和地方常设的最高作战单位，军则是战时编制，战后解散）。

陆师各营头主官从低到高依次为什长、总旗、把总、千总、参将、总兵，提督。

水师的编制和陆师的编制总体区别较大。

根据不同载重的战船，需要布置不同的兵种和兵力，水师不着甲，统一以鸳鸯战袄作为作战军服。

长江水师的暂定编制如下：

以200料作为最小的战船。每艘额定战兵15人，其中肉搏队6人，统一装备腰刀、藤牌；火枪队6人，配备鸟铳和腰刀，和一定数量的弓、弩；因为船上作战摇晃，弓、弩有时比火枪效率高。炮手3人，负责操作1门虎蹲炮，再加上舵工、瞭望手、开船的水手等辅助人员，共计25人，包含正副船长、船长职同总旗、船副值同小旗。

300料，400料，500料直到千料大船。战兵和水手、炮手的数量逐步对应增加。船长的品级也相对应提升，500到800料的船长值同把总、千料以上的船长值同千总。总兵、参将等独立领军，统领船队。

其中500料大战船，至少要装备大小弗朗机炮6门，虎蹲炮10门。

千料战船，至少要装备大小红夷炮12门，如果真的装备齐了，火力还是很强大的。非常适合用来海战，内河水战的话，反倒笨拙，用500料以下的战船足矣，以300和400料的作为主力战船。每船配备二十多个肉搏和火枪兵及十几个炮手。操作3到4门弗朗机炮。

内河战船适宜多配佛朗机，因为交战距离短，佛朗机后装炮因为漏气导致射程短，威力小的劣势不明显。而比前装红夷炮装填炮弹简便，连续射速更快。扬长避短。到了海上，就是红夷炮的天下了。

经过两个多月的筹集，长江水师共有千料以上大船4艘、800料战船10艘、500料战船23艘，400料战船32艘、300料战船48艘，200料战船105艘，大小主力战船合计约230艘（大半是海贼王郑芝龙提供的），另有200料以下的舢板、叶子舟、鸟船等无算。能够同时容纳战兵和水手合计一万余人。足以装下所有新近招募的水勇了。

御营亲军水陆军卒，根据能力不同，共分三级，从低到高分别为准卒、正卒、锐卒。每级别军士的月俸和月粮待遇不等。

准卒的要求是十五岁以上，五十五以下，身体未有残疾的男性。无阿芙蓉膏吸食史（鸦片），准卒月俸银一两，月粮三斗。正式成军前的御营亲军新兵暂时就是这个待遇。

正卒的要求是二十以上，五十以下，身体未有残疾，且粗通武艺（刀枪棍棒，拳法格斗）或技艺（会施放火炮，会骑马，会射箭，会放铳等等）中一种或者多种，熟悉战阵；有野战经验的的优先。无阿芙蓉膏吸食史（鸦片），正卒月俸银一两五钱，月粮八斗。正式成军后的御营亲军就是这待遇。

锐卒的要求是二十以上，四十五以下，身体未有残疾的男性，精通武艺或技艺的一种或多种，根据戚继光九等技艺标准，必须达到四等以上，考核合格；熟悉战阵；有十次以上野战经验，实战经验丰富；有阵斩建奴级者优先晋级锐卒。无阿芙蓉膏吸食史（鸦片）。锐卒月俸银二两，月粮一石二斗。正式成军后的炮兵、海员、斥候等少数技术兵种享受的是锐卒的待遇。

为了提高他们的当兵积极性，朱由桦君臣也算是煞费苦心了。