各营军旗，规定：军旗自营级开始拥有，一面军旗代表一支军队。旗在，即使军队打光，也可以重建；旗毁，即使军队尚存，也必须解散。

军旗以火红为底，正中绣着由一条黑龙团成一个日圆形在左边，一只火凤飞翔成半月形在右边，组成的一个“明”字。寓意着大明帝国、困龙出海、凤凰涅槃、浴火重生。新军旗测绣“日月不落，永耀大明”，右侧绣各部番号。

大明原来的武臣爵位制、散阶、镇戍营制、卫所营制、五军都督府各级官职全部撤销，对应配上新的爵位、散阶、军职、营制。

新的勋位、散阶、军职、营制通过众人的集思广益，几天时间就差不多制定好了，这是一个涉及京师和地方七八个省的大工程，在清兵南下前完成是不可能的，现在只是起个头，预计花两到三年完成对整个南方的营兵改制。

现在主要是针对江北和湖广等抗清前线的军队进行改制。在规范行伍，整肃军纪、淘汰老弱的同时，新制充分考虑到了前线军将和军士的利益，对于御营、湖广左镇余部、江北四镇余部三大主力，新制需要保证他们中大部分军将能升官加俸，留在营中的军士能有个体面的收入待遇，外加足够的可晋升空间，以提高他们抗清的积极性。

至于南方各省镇兵的改制暂时只停留在草案中，预计两到三年完成。

在草案中，浙江和福建两省，预设闽浙总督一人，驻杭州，标兵分两营，设参将、游击若干人分统，督标不超过六千人马，配备相应骡马。

另在浙江单设浙江巡抚一人，抚标两营，仍设参将、游击等若干领之。设提督一人，提标两营。设定海、衢州两镇总兵，镇标各两营。

钱塘、台州、衢州，各设水师左右路总兵，镇标各一营，谕令浙江地方官即刻造船，打造大木暴晒，以备造船之用。

衢州、湖州、嘉兴、绍兴等七府城，各设一参将，各领一营，平时练兵，弹压巡警地方。

预计浙江全省正额兵员三万六千余员，余者全部给二十两银，五石米的遣散费，驻扎在各州府的卫所全部裁撤。百户以上军校原职待用，卫所兵和镇兵的裁撤遣散费统一由朝廷一次性拨给，并派遣御营镇抚、督军和监察御史到各省联合监督执行。确保遣散费能够分到士卒手上和整编行伍工作的进行。

新制里总督督标、巡抚抚标，提督提标、总兵镇标，都算是一省的机动力量。而分守分府各城的参将、游击，则各领兵马分别按道路，河流，分卡设警，同时驻防城中，警备非常。

有盗匪，水匪等警，有时是一路，一讯，各驻把总官，领额兵百余员，就地可以弹压。而一旦遇到大股匪徒，或是流贼，就出动协标，镇标，直到总督的督标。按警讯大小，分级出动官兵，予以平叛、镇压。层层设警，遇敌上报，出现任何遇贼不理，或是处置不利，一层一层的追查下去，责任分明，防区划定，无可推脱。

对南方各省改制的目的一是裁军节省粮饷，二是借改制，通过以文臣任总督、巡抚来节制统帅诸镇武将，加强朝廷对地方武将的控制力。

浙江一省，地方州府原本报备到兵部的兵额（包括各地卫所兵在内）有十几万之多，裁兵之后，不到四万人，加辅兵长夫也不过六万人，这样就能大大减轻一下朝廷的财政压力，足粮足饷之下，朝廷也能名正言顺的用军律来约束军将和士卒了，而不复以前军纪败坏，将领各行其是，不听指挥的窘迫情形了。