费巩教授只因为写文章就引来杀身之祸，说明看似团结抗战，而国民党当局一刻也没有放松其独裁统治。1945年3月5日的凌晨，在距抗战胜利不到半年的时刻，国民党特务在重庆千厮门码头秘密绑架准备去复旦大学讲学的费巩教授。费巩教授先被关押在重庆警备司令部，后被转移关押到中美技术合作所看守所，最后惨遭秘密杀害，尸体被丢入硝镪水池销毁灭迹。

费教授一家子人都在等着，孩子在盼望父亲的归来，等到所有的亲戚朋友都回来了，还是见不到，见不到父亲的身影。就是那天我记得很清楚，外面下很大的雨，弟弟和姐姐两个人放学回来，穿了雨鞋，撑了雨伞回来，一进门就看见费教授的夫人，他们的母亲哭得像泪人一样。

直到抗战胜利后，国立浙江大学的师生还不知道那位帮学生消灭臭虫的费巩教授已经遇害。

1946年国共重庆谈判时，中共方面要求释放的五名政治犯中还有费巩的名字。三十二年后，上海市政府正式追认费巩为革命烈士。

1945年，中国的全面抗战进入第八个年头。

8月16日，遵义出现了少有的晴天，繁星点点的夜空下一片宁静。晚上十点，遵义城里突然响起震耳的炮声。很快，人们就现，这是中国军队庆祝胜利的礼炮声，日军无条件投降的消息从重庆传到遵义，遵义城里充斥着鞭炮声。